אוסף האצות, עשבי הים וצמחי המים המתוקים של אוניברסיטת תל אביב הוא הגדול מסוגו בלבנט. האוסף מכיל מעל ל-30,000 פריטי אוסף מתויגים. רובו המכריע מורכב מאצות שנאספו לאורך חופי ישראל וסיני. האוסף נמצא בתחילת תהליך קטלוג ממוחשב שמסתמך בין היתר על קטלוג קיים. בסוף התהליך יהיו הנתונים זמינים למחקרים אקדמיים של אצות מאוניברסיטאות בעולם.

אוסף החזזיות כולל פרטים שנאספו בישראל ופרטים מחו"ל. החומר נמצא במצב מיובש ונתון במעטפות עם פרטי מקום האיסוף והתאריך.

כמו כן, באותה שיטה מצוי האוסף מחו"ל, שמבוסס על פרטים שנשלחו על בסיס של החלפות עם עמיתים בחו"ל. בנוסף על כך ישנו אוסף לצרכי הוראה אשר מכיל פרטים מהארץ ומחו"ל אשר מדגימים בעיקר צורות של תאלוס: קרומי, עלעלי ושיחני. בנוסף לאוסף המיובש קיים אוסף חי המוצג על שולחנות אבן בגן הבוטני והמצוי ליד חממת הדקלים. אוסף זה מטופל כך שאחת לכמה שנים מוחלפים הפרטים אשר כולם אפיליטיים (צומחים על גבי אבנים), בפרטים טריים הנאספים באזורים שונים בישראל.

אוסף הפטריות משמש כאוסף משווה למחקרים מדעיים ומסייע בהכנת קטלוגים של מיני פטריות מקומיים ואזוריים.
כמו כן, האוסף מהווה מאגר גנטי חשוב. האוסף באוניברסיטת תל- אביב מכיל יותר מ – 5500 פרטים, מ - 810 מינים, שנאספו במשך 40 שנה ע"י פרופ' ניסן בנימיני:
80 מינים של פטריריות, Myxomycetes
400 מינים של פטריות כובע, Agaricales
330 מינים של פטריות עילאיות, Ascomycomycotina ,Basidiomycotina 

אוספים